Kilpailun toiseksi ajoi Espanjan Jorge Lorenzo, joka kasvatti MotoGP-luokassa pistejohtoaan. Kilpailun kolmossijasta kamppailivat italialainen Andrea Dovizioso ja USA:n Ben Spies. Dovizioso piti ruutulipulle asti kolmannen sijansa.
Saksalainen Stefan Bradl ajoi kotiradallaan viidenneksi ja Italian Ducati-kuljettaja Valentino Rossi sijoittui kuudenneksi. Viimeisestä lähtöruudusta startannut Alvaro Bautista kaasutteli seitsemänneksi ja britti Cal Crutchlow oli kahdeksas.
Pedrosa lähti startista liukkaimmin ajaen ensimmäiseen kaarteeseen johdossa ennen Stoneria ja Yamaha-kaksikko Ben Spiesiä ja Jorge Lorenzoa.
Kilpailun viimeiset kierrokset olivat Stonerin ja Pedrosan kamppailua rinta rinnan. Ratkaisu tapahtui viimeisellä kierroksella, kun Stoner kaatui ja joutui puistelemaan hiekkaa ajopuvustaan.
Näin Pedrosa ajoi kauden ensimmäiseen voittoonsa, ja espanjalainen ylitti maaliviivan ennen toiseksi ajanutta maanmiestään Lorenzoa. Dovizioso oli kolmas. Dovizioso sai nyt kauden kolmannen palkintopallinsijoituksen tällä kaudella.
Power Electronics Aspar Teamin Randy de Puniet oli paras CRT-kuljettaja sijoituttuaan yhdenneksitoista.
MotoGP-luokan pisteissä kahdeksan osakilpailun jälkeen Lorenzolla on 14 pisteen johto Pedrosaan, joka nousi toiseksi. Stoner on neljä pistettä Pedrosaa perässä.
Saksan GP, Sachsenring 8.7.2012
MotoGP-luokka
1. Dani Pedrosa ESP Repsol Honda (RC213V) 41m 28.396s
2. Jorge Lorenzo ESP Yamaha Factory Racing (YZR-M1) 41m 43.392s
3. Andrea Dovizioso ITA Monster Yamaha Tech 3 (YZR-M1) 41m 49.065s
4. Ben Spies USA Yamaha Factory Racing (YZR-M1) 41m 49.136s
5. Stefan Bradl GER LCR Honda (RC213V) 41m 56.289s
6. Valentino Rossi ITA Ducati Team (GP12) 41m 56.446s
7. Alvaro Bautista ESP San Carlo Honda Gresini (RC213V) 41m 56.642s
8. Cal Crutchlow GBR Monster Yamaha Tech 3 (YZR-M1) 41m 56.843s
9. Hector Barbera ESP Pramac Racing (GP12) 41m 57.449s
10. Nicky Hayden USA Ducati Team (GP12) 41m 57.622s
11. Randy De Puniet FRA Power Electronics Aspar (ART CRT) 42m 21.572s
12. Colin Edwards USA NGM Forward Racing (Suter-BMW CRT) 42m 26.600s
13. Aleix Espargaro ESP Power Electronics Aspar (ART CRT) 42m 33.050s
14. Yonny Hernandez COL Avintia Blusens (FTR-Kawasaki CRT) 42m 41.939s
15. James Ellison GBR Paul Bird Motorsport (ART CRT) 42m 58.714s
16. Franco Battaini ITA Cardion AB Motoracing (GP12) +1 kierros
17. Danilo Petrucci ITA Came IodaRacing (Ioda-Aprilia CRT) +1 kierros
18. Ivan Silva ESP Avintia Blusens (FTR-Kawasaki CRT) +1 kierros